JAEA计划在未来10年内关闭79个设施中的一半以上，部分原因是2011年福岛核危机后出台的更严格的安全规则导致运营成本增加。该机构自20世纪50年代以来一直在日本与其前身一起领导核能研究，共拥有89个设施。
在估计成本中，在东京东北部茨城县东海村关闭该国第一个乏燃料后处理厂的费用占最大的7,700亿日元。耗费1500亿日元将使麻烦困扰的Monju原型快速增殖核反应堆退役。
至于核废料，该机构表示估计约有100千升高放射性废物和高达114,000千升的低放射性废物已经生产，但尚未决定处置地点。
日本政府的目标是在核危机全国停止之后重启核电站，尽管人们一直担心原子能发电的安全问题。
